本系培育學生整合機械、電機、控制等工程知識，並應用到農業與食品、環境、生物材料及醫學工程等生物相關領域，期使學生在完成課業後，具有生物相關產業所需機電工程和系統整合的技術能力。
大學部
Undergraduate
- 科學與工程：具有科學及工程知識，能運用邏輯分析與實證的能力。
- 實務：明瞭生物產業發展方向與所需機電工程實務設計技能。
- 終身學習：能自我定位與持續學習。
- 人文、倫理：具有道德倫理、科技法律、人性關懷及奉獻社會的基本認知。
- 國際觀、溝通：培養具有與國際接軌的工程能力。
碩士班
Master's Program
- 教育學生具備活用生物機電等領域之進階專業領域知能。
- 強化學生獨立思考、創新研發、規劃設計與實作執行之能力。
- 具跨領域整合與團隊合作之工作紀律涵養，以及創造工程科技與生物產業技術之趨勢。
